导读
今天向大家推荐一款中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，GOEAST自发表以来一直在更新维护，并且每周与Gene Ontology网站同步GO注释数据库，保证分析结果的时效性和准确性。此外，这个数据库能够支持直接使用芯片ID进行富集，不过，我们一般都是用的genesymbol，所以就不考虑芯片ID了~~
网址：
http://omicslab.genetics.ac.cn/GOEAST/index.php
操作攻略
1、进入主页后，在左侧选择Tools，进入下面的界面，如果想用芯片的探针ID进行富集的，选择下面的不同的测序平台就可以了。
使用genesymbol的时候，我们点击GOEAST advance tools。
2、点解GOEAST advance Tools后，进入下面的界面。
这里提供了三个不同的处理方式：
① 批量进行GO富集分析；
② 采用多个GOEAST分析，就是对多个实验结果进行交叉比较，不过在使用前，需要先单独获得每个分析结果
③ 定制的富集分析，这个需要自己准备背景文件等，相对比较复杂。一般对差异基因进行富集分析，我们选择第一个Batch-Genes就可以了。
点击here进入分析界面。
3、之后，就进入了富集分析界面。
这个数据库总共提供了58个不同的物种进行分析，包括动物，植物，真菌，细菌等不同的物种，并且支持不同的ID模式。
首先第一步选择物种。
第二步选择gene格式。
这个数据库提供了Gene ID以及Gene symbol两种种不同的格式。
我们以人的genesymbol为例，选择物种人，然后选择genesymbol。
4、 然后输入自己的基因序列。
比如通过芯片分析获得的差异基因的Genesymbol，或者自己上传文件。不过一般建议直接粘贴基因，因为上传文件涉及到格式问题，会比较麻烦~
5、 接下来就是选择分析方法。
矫正方法，富集p值，最终出图的格式等等。一般直接选择默认就可以了，如果有特殊的需求，可以选择let me choose，然后自己进行选择调整。
我们这里以默认设置进行分析，选择use default即可。
6、接下来会要求你输入一个邮箱地址以及一个本次分析的命名~~~否则的话没有办法进行分析。
输入后点击Start analysis。
7、现在会进入一个新的页面，这个页面会告诉你基因已经被识别，并且开始分析。
分析过程数据库表示一般需要30分钟左右，这个页面也可以关闭，分析结果会直接发送到邮箱；当然，不关闭也是没问题的。
8、 实际上一般没有30分钟，10分钟左右就可以获得结果
所有的结果都会发送到邮箱一份，点击邮箱中的链接，就可以看到分析结果了。
9、如果之前页面没关的话，也可以直接在网页中看。
点击see result now就可以了。
10、在结果页面，提供了一个GO富集分析的详细表格。
包裹GOID，GO的类型，条目名称，级别，p值等等信息，点击表格中的see details，还可以看到这个条目中的基因列表~~~当然，这个表格的结果也是可以下载的~~点击plain Text format就可以了。
11、当然，这个网站没有这么简单。
他不仅提供了GO的富集分析结果，还提供了GO三个类型下GO条目的互作关系。
在页面的最上方，提供了BP、CC以及MF三个选项。
12、 我们以BP为例，点击Biological Process，就可以进入到下面的界面了~
看起来什么都没有对不对，其实是因为富集到的条目太多，所以这个图被压缩了，我们点击右下角的+号，把图片放大就好了。当然，由于是PDF文件，这个图也是可以下载的。
13、放大后，就可以看到BP下的GO条目的关联图了。
14、这是一个富集分析的树形图模式。
每个放歌代表一个GO条目，连线表示它们之间的层级关系，颜色越深，表示富集越显著~~上述的树图，能反应富集的GO条目之间的层级关系，但图会较大，看着不太方便。通常会使用泡泡图来展示其中一部分最为富集的结果。
15、圈圈图的话，就可以像之前说的那样，在结果页面点击plain Text format下载表格数据，类似于下面格式，然后选择你感兴趣的条目，一般选择排行靠前的行，然后用R语言或者在线工具绘制圈圈图就可以了。
内容来源：科研Z库
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