多国发现新冠病毒变异毒株,其中印度发现 73 个毒株的新变种,意味着什么?对疫情防控有何影响?

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匿名用户1024   2021-5-25 14:45   6134   5
央视新闻消息,据印度报业托拉斯15日报道,印度当地研究人员在东部奥里萨邦发现了73个新冠病毒毒株的新型变种。
据报道,做出这一研究结果的团队来自新德里的基因组与整合生物学研究所(CSIR-IGIB)以及奥里萨邦首府布巴内什瓦尔的医学研究所和SUM医院。
该研究团队的首席研究员达斯博士(Dr. Jayashankar Das)表示,研究团队对包括752个临床样本在内的1536个样本进行了测序,最终首次在印度报告了两个新的病毒谱系。报道称,研究团队发现了73个新冠病毒毒株的新变种。
达斯还补充说,了解新冠病毒的详细特征对于治愈新冠肺炎患者很有帮助。这项研究将有助于了解新冠毒株的脆弱性,以及印度东部,尤其是奥里萨邦的病毒变异动态。
截至当地时间15日,奥里萨邦共确诊新冠肺炎病例54630例,其中死亡324例。
据中新网消息,马来西亚卫生部总监努尔16日也称,该国现有新冠肺炎确诊病例中确认了4例D614G变异毒株。并且,这一变异毒株传播速度可能比一般毒株快10倍。


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有关回应  16级独孤 | 2021-5-25 14:45:49
说印度是这次疫情的“王炸”一点也不过分。
[h1]印度≈一个缩小版的非洲[/h1]人口:
截止2016年,非洲人口大约是12.2655亿。[sup][1][/sup]
截止2019年,印度人口大约为13.24亿。[sup][2][/sup]
医疗条件:
根据世界卫生组织的数据,印度的UHC指标是56,大致相当的是非洲的肯尼亚(指标是57)。[sup][3][/sup]
人口密度:
非洲的人口密度是:40.58人/km 。[sup][1][/sup]
印度的人口密度是:450.4人/km。[sup][2][/sup]
就防疫形势来看,我觉得非洲都好于印度,毕竟地广人稀。
[h1]“群体免疫”[/h1]而印度的贫民窟,正在惊人的走向“群体免疫”。[sup][4][/sup]
在孟买的非平民窟,检测样本也有16%的人携带抗体。[sup][5][/sup]
在印度首都新德里,检测样本中有近四分之一的人结果呈阳性,因此推算德里约有700万人曾感染新冠病毒。[sup][5][/sup]
[h1]医疗资源[/h1]印度的穷人,感染了新冠病毒之后,只能“听天由命”。[sup][6][/sup]
[h1]难题[/h1]印度目前面对的难题,防疫很多人会饿死,不防疫很多人会病死。[sup][7][/sup]
所以,印度的疫情很难让人看到控制住的希望。
再加上(世界第二)印度与(世界第一)美国正式恢复通航,
印度这个巨型新冠病毒培养皿,出现很多变异也是情理之中的事情。
[h1]突变[/h1]回到问题,印度发现 73 个新冠病毒毒株新型变种。
目前,这些变异造成目前研发疫苗失败的可能性是比较小的。[sup][8][/sup]
[h1]历史[/h1]1918年「发源于美国的」西班牙大流感,印度大约有1700万人死亡,约占其人口的5%。[sup][9][/sup]


这次新冠疫情,我也并不认为印度会好很多。
就算你给他一份答案,按照目前的情况,印度估计都抄不来。
终究,印度会取代米国。
毕竟有了检测才有确诊病例。
历史是一面镜子,对疫情感兴趣的,可以读一下这一本书。
以上。





3#
有关回应  16级独孤 | 2021-5-25 14:45:50
其实新冠变异并不奇怪,本来就是RNA病毒,加上目前感染数量已经如此巨大,不变异才有鬼。但其实我们关注变异的本身,是变异会对新的毒株带来怎样的表型变化(比如毒性增强,传播性增强等)?
首先我去查了下,关于这个事件的原文报道,目前能收到的只有两个媒体报道链接,一个是the times of India, 一个是The new indian express(记者的采访上有一些亮点,我后面来讲)

然后我去GISAID数据搜了下,本来想查一下,有没有这73个病毒毒株的序列数据,无奈现在没有研究所邮箱了,公司邮箱申请的账号还没过审。所以,只有退而求其次,去查了下GISAID上的新冠的流行病学传播工具。不巧,工具目前最新的时间更新在8月9号,印度的数据(下图的绿点)还集中在中部,并没有奥里萨邦的数据(ODISHA),所以推测应该是还没有更新到数据库。

所以,我只能从媒体报道的内容里,尝试寻找一些信息了,也发现了一些亮点。

首先,我们看到,媒体采访的印方研究所负责人说,从这1536个样本中发现的新的新冠变异株系主要是B.112和B.199。然后高能的来了,下面的红框内容,负责人补了一刀说,“It will be very easy to treat patients and cure them”
我就有点无语了......
给大家简单说一下目前全球新冠毒株的谱系分类吧,按GISAID上的官方描述,目前全球的新冠病毒序列,主要可分成六大分支(下图,S,L,V,G,GR,GH),其中S,L,V株系是19年出现的(所以前边有19的数字),而G,GR,GH三个株系是今年才出现的(名字有20的数字),所以我们看到,按印方负责人说的,这次新发现的毒株是B.112和B.199株系,那对应的就属于GR和GH的分支

那这两个分支有什么特别的呢?从下图我们可以看到,在已发现的病毒序列中,GH和GR都包含有S-D614G这种病毒型。

那D614G病毒型为什么如此‘臭名昭著’呢?
因为它是一个将新冠传染性带到一个新高度的变异型,这种病毒型,从今年2月份以来开始在全球爆发,如今已经成为全球最常见的一种新冠病毒型[sup][1][/sup][sup][2][/sup][sup][3][/sup][sup][4][/sup]。
而正是由于这种病毒型的突变,改变了原病毒型(D614)的氨基酸序列,将原来的614位天冬氨酸(缩写为D)变成了甘氨酸(缩写为G),导致了这种病毒型的传染性进一步增强。这也是这种病毒型取名为D614G的原因。
所以啊,我才觉得这个负责人,大言不惭的来一句It will be very easy to treat patients and cure them,是哪儿来的底气。。。。
这还没完,另外一篇报道里还说,这次印度击败了(没错,原文用的beat)其它十个国家共12个机构,第一个完成了现场验证和数据分享。这位负责人最后又补了一刀“This is the first ever attempt in the world to have such a large scale detection, surveillance and genetic epidemiology of Covid-19 in a single run”.......
哎,赶着你自己祖国贫民窟都要率先实现群体免疫了,你还在这儿炫耀你一次月考交卷最快.........

[h1]至于对我国的影响:[/h1]我觉得还是常规操作,需要密切关注这些新型病毒型后续的表型,有没有特殊的变化,另外边境的管控也要尤其注意,虽然奥里萨邦离我们也不远,但我觉得对其它国家的进出管控才更为关键,因为貌似7月份,美印就通航了。。。。。

评论区有朋友问到疫苗的事,刚好之前有写过一篇相关文章,有一些疫苗的基础知识,感兴趣的朋友可以看看,给个传送门
浩浩耗:一文弄懂,全球新冠疫苗研发到什么程度了?
4#
有关回应  16级独孤 | 2021-5-25 14:45:51
刚看了其他的一些回答,我觉得有一句一定要说一下,印度这种情况吧,算是养蛊,但是说什么在试图搞群体免疫的就是胡扯了,先不说这种靠自然群体免疫的事情多不靠谱,就拿现在的研究来说,如果病毒真的搞出新变异来了,那么以前的得过的人很可能会第二次患病(参照流感),那么这么搞下去的唯一可能就是一批一批的人不停的患病,然后死亡人数不断增加,群体免疫什么的是绝对不可能实现的。
出去玩了2天来晚了。看印度的情况大家写的挺多的了,我就从病毒变异本身的角度写几句。
首先明确一个大概念,变异是一定存在的。不光是病毒,所有的生物都会发生变异,包括我们人类自己。
那么对于病毒来说,病毒本身就很容易发生变异,其原因一个是病毒的复制频率高,就像我们说的多做多错一样,复制的频率够高,所以变异的几率就更高,这点同样可以用在其他高速繁殖的微生物上,比如细菌。
另一个原因则是病毒所特有的,就是病毒没有细胞结构,它的遗传物质很容易受到外界的影响。比如病毒都是要依靠宿主细胞繁殖的,那么它就很容易受到宿主的反击,所以变异是一种很好的逃脱宿主反击的方式(免疫压力)。
而在病毒的大家族里,DNA病毒和RNA病毒的变异情况也是完全不一样的。DNA病毒自发性变异其实远低于RNA病毒。所以RNA病毒有一个特点,就是RNA病毒很难保持一个完全同源的病毒种群。
哪怕是一个患者体内的病毒在复制的过程中也同时发生着各种各样的随机变异。
病毒的变异速率也是有一个可参考数值的。一般来说,病毒的变异速率大约为每年1000个碱基中发生1个碱基的变化,以新冠病毒来说大概3万个碱基,也就是每年可以发生30个碱基的变化。
但,在变异过程中有很多无效或者没什么大影响的突变,甚至有一些突变会造成病毒无法复制导致病毒自身的死亡一类的。只有在关键位点的变化才能导向突出的变异。比如我们这次发现的D614G使得病毒的传播能力得到了显著的提升。
以上是背景知识,接下来看这个新闻,印度奥里萨邦有超过5万个感染者,也就是病毒有足够多的复制和传播,也就是有足够的变异机会。所以研究人员在对1536个样本进行测序发现了73个新型变种来说,意味着啥?怎么讲呢,这就是个基操吧。没啥特别的意义,就像你吃饱了就不饿一样,如果我问你中午吃了2碗米饭意味着啥,你说意味着我吃饱了?
对疫情防控来说监控病毒的变异肯定是有指导作用的,这个跟我们日常防控来说没什么大关系,更多是在临床和科研领域。
如果大家对于病毒变异比较感兴趣的话推荐一个网站。
2019nCoVR - 2019新型冠状病毒信息库国家生物信息中心简历的新冠的信息库,其中就有变异位点的动态曲线。大家可以从曲线看到变异的基因从无到有,各个国家的各种情况一类的。

其实对于新冠病毒的变异来说,我有一个更担心的内容,也是我前边一直提的,就是病毒的重组。
病毒的重组方式有很多,都是一些技术层面的问题跟大家关系不大,但里边有一些特别值得担心的问题。打个比方说病毒的复制是无性繁殖的话,病毒的重组有点像近亲结婚,就是一些品种相近的病毒在复制的过程中交换了遗传信息,可能让某个病毒突然携带上了其他病毒的特征和特性,甚至产生非常多的新的特性,而这些特性有可能是非常可怕的。
突变还是几个几个位点的变化,而重组就是大段大段的基因的变异。
比如,我们通常认为流感病毒每10年有一次世界范围的大流行的原因就是,人流感病毒与动物流感病毒发生了重组,以至于我们现有的疫苗以及人类形成的已有抗体的失效。甚至像禽流感来说可能会出现高致命性的变异种类。
而冠状病毒也刚好是一种比较容易发生重组的病毒,现在有多篇论文指向认为新冠病毒可能是由其他冠状病毒重组而来,比如蝙蝠冠状病毒,穿山甲冠状病毒和蛇冠状病毒等等,使得新冠病毒从一种自然界存在的古老病毒突然间可以感染人类。
目前我们监控到的所有变异都还没有导致我们的防疫措施有太大的变化,也没有导致我们的疫苗或者药物的失效。但如果发生了大面积的重组,我们可能会面临着非常糟糕的局面。从概率上来说,重组的发生几乎是一定的,只是什么时候会发生,有多严重是未知的。
希望别太早听到这个消息。
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有关回应  16级独孤 | 2021-5-25 14:45:52
英国是所有大国里面最早提出群体免疫的,最后英格兰人没信,苏格兰人没信,威尔士人没信,爱尔兰人没信
英女皇皇冠上明珠印度人民信了……
意味着印度在群体免疫道路上狂奔……
对了,那些整天印吹斯汀夸印度全民免费医疗很好很牛逼的大佬们,出来走两步……
6#
有关回应  16级独孤 | 2021-5-25 14:45:53
现在深刻理解的领土一点都不能少的必要性,亏我还老觉得西藏高原地广人稀打仗算有点战略作用和平年代就很麻烦。
现在想想,多亏了世界屋脊给我们挡住印度啊。
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