看了一下现有的答案，大多是从智商税、提成、推广（含广告）、包装几个方面。@周琳说的很全面。保健品的价格虚高，@安云说的也很好。某利的角度，@李文琦说的也很深入。下面我来补充一下@劳风雷关于生产工艺方面的回答。
一、原料药VC的生产工艺：
1， 莱氏法
国际通用的莱氏法是VC生产的经典方法，系以葡萄糖作为起始原料，经催化加氢制成D-山梨醇，再经醋杆菌深层发酵氧化制得收率很高的L-山梨糖，L-山梨糖经丙酮和硫酸处理生成2,3,4,6-双酮基-L-山梨糖（简称双酮糖），最后与盐酸、乙醇合成粗品VC。最终经过提纯（去杂质，包括盐酸、丙酮等）得精制VC。
2， 两步发酵法
中国国内企业通用的两步发酵法，即D-山梨醇发酵生成L-山梨糖后，L-山梨糖又经第二步细菌氧化，直接生成2-酮基-L-古龙酸，而废除了丙酮化和化学氧化两个步骤。反应过程为葡萄糖催化加氢制D-山梨醇，D-山梨醇经发酵生成L-山梨糖，再经第二步发酵到2-酮基-L-古龙酸。经过内酯化、烯醇化得粗品VC。最终经过提纯（去杂质，包括甲醇、丙酮等）得精制VC。
可以看出，化工合成的VC，都不可避免的使用到丙酮。就算纯化的再干净，也不会做到零残留的。所以肯定会有残留哒。（不过基本检测不出来）
不谈剂量的说有毒都是耍流氓。丙酮急性毒性LD50:5800mg/kg(大鼠经口)；20000mg/kg(兔经皮)。所以这点丙酮残留基本上人畜无害。
下面说说提取天然VC的工艺。
二、天然VC的提取工艺：
这块不是很熟，不知道工业生产的方法。实验室做含量测定的小规模做法是酸性条件下研磨，取离心上清液脱色，过滤。
个人猜测，由于VC在中性、碱性、过热环境中会被破坏，如果是大规模的生产，最后的残留物中肯定会有盐酸（或者其他酸），最后都会经历酸液中和，再提纯。
个人感觉，工业流程复杂程度其实差不多，成本差距来源于原料。
受@辛奇 的启发，从SFDA官网上截图，可以看到：
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药剂的处方分析来了（因为对象不是药品，所以严格意义上说不算是药剂学的处方分析）：
维生素C、针叶樱桃提取物、柑橘提取物：主成分
碳酸钙：油类吸收剂（包衣用）
玉米淀粉：填充剂和崩解剂
交联羧甲基纤维素钠：崩解剂
微晶纤维素、磷酸三钙：稀释剂
硬脂酸镁：润滑剂
阿拉伯胶：抗结晶剂
麦芽糊精、羧丙基甲基纤维素：粘合剂
甘油：稳定剂
巴西棕榈蜡：打光上蜡（包衣用）
（以上分析是个人拙见，不敢保证百分百正确。如有错误请通知我，我改正。）
题主问的是差别，从工艺流程上的差别算是说清楚了吧。工艺上的价格差异主要是原料差异。至于是不是上百倍我不知道。
剩下的价格差异就是其他答题者说的商业价格差异了。从包装到推广，利润点的不同造就了巨大的价格差。加上保健食品的监管确实存在漏洞，药品的零加成也在推广执行，多方原因多管齐下，形成了市场上存在同品不同价的现状。
一入商场深似海，所有商品的流通内幕都大同小异。其他的人为原因顾不在此赘述。
谢邀。
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