量子化学计算中,如何选择合适的方法模型进行合理的计算?

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匿名的用户   2019-6-10 01:19   6836   2
量子化学计算
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热心的回应  16级独孤 | 2019-6-10 01:19:07 发帖IP地址来自
首先,我假设你指的是分子体系而非周期性体系,因为后者我也不懂。然后,最重要的问题就是你的体系有多大。这直接决定了方法的选择。下面简单说说:
1000个原子以上,请出门左转分子力学。真要上QM的话,可以考虑一些线性标度方法,比如FMO,EFP,DC/mDC之类的。这类方法有不少,但没有太多实际应用,基本只能在专门讨论这些方法的paper里看到。感兴趣的话,可以参见我另一个回答 对于量子计算化学的大规模计算现在正在有哪些新的研究进展? - 社区用户的回答 - 社区 里提到的一些综述文章。
250-1000个原子的体系,从头算方法还是有点力不从心,建议用半经验或DFTB。即使你是土豪有几千几万个核,大部分量化软件包的并行效率根本scale不到那么多核。
100-250个原子,如果你的计算资源还可以的话,从头算至少能用一用了,但化学精度(1 kcal/mol)基本不要指望。最基本的从头算方法HF以及LDA/GGA DFT应该都能跑,然而这些方法对于大部分化学体系的描述并不理想,故不推荐使用。有条件的话,尽量还是上杂化泛函。基组的话量力而为,但最少也要是双zeta,加极化函数更好。另外,对恰当的体系可以尝试ONIOM,或许有奇效。
25-100个原子,大部分有机反应体系大概就这么大。你如果搜计算有机反应的文献的话,估计会看到漫天遍野的B3LYP。虽然做理论的会觉得这样B格很低,但平心而论,B3LYP还确实是一个很robust的杂化泛函,除了对色散作用的描述很差以外(然而很多有机反应里色散作用并不重要),似乎没有什么大问题。如果你做计算只是想找个有机反应的过渡态,把实验文章提高点档次顺便自己混个N作,那么大可拿B3LYP来用。当然,更好一些的做法是,查一下类似的体系别人都用什么方法算,有benchmark的文章更好。毕竟现在新泛函层出不穷,什么double hybrid什么range-separated,至少从理论角度来讲都有比B3LYP先进之处。选择得当的话,应该可以给出比B3LYP更好的结果。基组的话,这个大小的体系应该可以用双zeta+极化做几何优化然后三zeta+极化做单点能计算了。除了DFT,这个大小的体系MP2也可以考虑了,当然别拿来几何优化,算个单点就好。值得注意的是近些年发展起来的RI (resolution-of-identity,也叫density fitting)方法,可以大大加速双电子积分的计算,目前常用于MP2(当然,还有双杂化泛函),可以考虑使用。
10-25个原子,这么小的体系对精度的要求更高,所以就别再B3LYP了(用来几何优化还凑合)。真要用杂化泛函,起码也要把基组升到三zeta+极化的级别。一般来说对于这种一二十个原子的体系,更常见的貌似是用post-HF而非DFT来处理。基组建议用Dunning系列基组,方便做能量外推。涉及到弱相互作用的话,MP/CI系列可能就不太够用了,CCSD(T)是公认的黄金标准。如果主要是算热力学性质,最好使用专门的组合方法,比如G2/G3/G4这些。其实这些方法的核心也就是中精度方法几何优化+高精度方法单点+基组能量外推+各种校正,但因为是专门优化并测试过的,效果会比较可靠。
10个原子以下,CI/CC系列基本是底线了。热力学性质同样可以用组合方法。对于如此小的体系,用各种multi-reference方法研究激发态也能算得动了。这类方法在MOLPRO里貌似有一大堆黑科技,具体的我也不懂,请询问专家。
除了体系大小以外,你做这个计算的目的也会影响方法的选择。比如你是要算几何构型、反应能垒、弱相互作用能,还是偶极矩、极化率、红外、拉曼,亦或是激发态、紫外、荧光,可能都有不同的最优方法,需要具体情况具体分析。
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热心的回应  16级独孤 | 2019-6-10 01:19:08 发帖IP地址来自
这个问题太大了。问者的身份粗略地分为两类:做理论/计算的和做实验的。假如问者是做实验的,而且在理论计算方面是新手,建议计算前明确计算的体系,求解的问题以及要求的精确程度;然后查该体系或类似体系下最近的文献,查找别人计算用的方法和基组。因为做实验的文章使用的计算方法不一定是最合适的,往往需要找不同作者的文章对比下。虽然不需要将计算背后的理论全都搞清,但是大致上要搞清选择方法和基组的理由。如果实在找不到合适的,就找理论组求教或者合作吧。
做理论/计算的不该在社区提这种问题。
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