牛人可以使无数实验室开张而不是关张。
上周张峰和David Liu发了 非依赖DNA双链断裂的AT->GC定点突变的文章(我没看张峰那篇),你猜能带给多少实验室饭吃?我们已经摩拳擦掌的准备用他们的方法大干一场了。
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楼下有个回答基本触及到了为什么大家疯狂diss 11g的本质
那就是“解析蛋白到底有多大用处”
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作者说
1 解析蛋白是很有用的,比方说装载进cargo运输对基因治疗至关重要
2 base editing有很多问题应用不佳,所以和11g比起来没有优劣之分。
遗憾的是,现实不是这样的。基因治疗做片段删减一定要有结构知识指导么? 不一定。比方说一个200kD的氨基酸的蛋白太大装不进腺相关病毒,解决方法是多做几个删除片段,寻找不影响蛋白功能的一个片段克隆装进去就是了,有没有结构一样做
base editing 有很多问题应用不佳。但是base editing是一个非常重要的建模手段,可以很方便的在模型中验证一些突变/snp是不是“driver”基因。在模型中验证后就可以考虑开始筛选抑制剂来寻找治疗手段了。base editing在建立模型中的作用是非常巨大的。同样的,IPS也不能直接拿来治疗病人,但是IPS可以拿来把病人的(携带突变)的组织建立成干细胞然后无限扩增,这是以前很难做到的。并且通过将干细胞在分化还可以获得常规手段无法获取的病人组织。比方说用病人的皮肤细胞可以获得含有病人基因组的神经细胞,这是常规手段难以获得的。
科学研究都是为人类认知世界做贡献,问题是有的研究不仅仅是为人类的认知世界做贡献,而且还为人类做贡献。比方说几十年来生物医学的基本研究套路是
寻找突变--通过研究突变研究基因功能--寻找“drugable”靶点--筛选抑制剂--转化入医疗实践
(红包时间:这也是“为什么我们要花巨资研究极其罕见的遗传病?”的最佳答案)
而结构生物学,很遗憾是游离于目前的生物医学体系之外的。生物医学的整个研究过程中并不依赖结构生物学的知识。一般认为知道结构以后可以简化筛选抑制剂的过程,但是现在都是机械手或者学生加样大范围筛化合物,是否知道结构的意义并不大。而且现在解出来的结构也是Artificial的,并不能反映生理环境下的结构,所以根据结构来优化筛选很可能并不成功。 另一个常见的说法是结构生物学在合成生物学领域非常重要。解析出了酶-底物接合区的结构,指出了具体哪个氨基酸负责结合底物,突变这几个氨基酸就如何如何之类,所以了解一个蛋白结构之后就可以给改造这个蛋白质提供指导。但是实际上改造酶有没有结构也一样做,只不过是比对不同种属里同一个蛋白的序列,再做几个突变就找到关键氨基酸了。至于改造蛋白,David Liu的文章里面改进了7轮那个工具酶,用的还是随机突变定向压力选择。
把华大和11g相提并论并不公平。华大烧钱搞流水线是真真正正的打基础。华大测一个物种,就把3', 5' race, cDNA libarary从一个物种中淘汰,节约了研究者大量的时间(well,这些技术在小范围内还是有用的,不过做克隆用不着了)。
毕竟现在我国的钱还没有多到可以随便为人类认知世界做贡献的程度,还有很多现实问题亟待解决。
另一个红包时间,中国的生物研究难发顶级期刊最主要的原因是资源的垄断。
一方面是技术的垄断。单细胞测序,高通量测序最初的文章都是CNS,原因很简单,只有Broad,斯坦福他们才有原型机不对外服务。为什么只有他们有原型机?因为只有他们才有硬件软件人才环境。比方说最近刷time line的BD机器人,只有他们有这机器人,他们跳个箱子出一篇顶刊,跑去挖煤出一篇顶刊,跑去蹦极再出一篇顶刊,中国做机器人的就发不出顶刊。更深一层为什么只有BD能做出机器人?他们有最顶级的硬件/软件。(然而颜宁在微博里公开说“我特么的不关注技术点点点”)
另一方面是样本的垄断。比方说转化医学是很容易发顶刊的,给病人上了新药,然后收集样本捣捣浆糊找找突变就是篇顶刊了,然而中国新药实验审批比美国慢大约10年,所以在中国这方面研究就很难发顶刊,没那么多剩饭给你吃。现在国内做CRISPR, PD-1, CAR-T很热,因为这几个是中国可以和美国同步的,三年后肯定井喷国产顶刊文章。有钱烧的话,测他100个PD1病人,每个病人测他1000个细胞,单细胞DNA RNA全上,肯定也是cell。别笑,chinnaiyan那篇cell就是这么发的。MSKCC IMPACT测了一万多个病人的外显子序列,rnaseq,也是cell。 这是真*大力出奇迹搞出来的数据库,还很有用,每出一个都是全学界的一次狂欢。FDA最近已经批了MSKCC impack用于指导化疗/靶向治疗。 东亚裔有人种差异(易瑞沙就是例子),要不要搞自己的基因库?啊呀贫穷限制了我的想象力,才100个病人。。。扯远了。。。
同样的,为什么很多有很好文章的年轻人回国就发不了好文章了?没有环境的支持了。
11g之所以能大量发顶刊,也是因为打破了硬件上的垄断。只是大量发这种文章的性价比很低。说实话,我不酸华大。
以上是我对生物医学领域的观察,欢迎大家讨论。希望同设计并完成过课题的童鞋讨论。
施一公的风格是典型的上世纪的中国制造。
市场上流行什么就做什么,生产资料全部进口,靠着成本控制和手快把产品卖到国外占领市场。
说 “据说国外很多研究小组千万百计打听他现在的研究方向,然后躲这个方向远远的以免当炮灰”。 外行觉得哗好厉害啊吓得别人都不敢竞争。 实际上内行一看就笑了,科学家 “现在的研究方向”还要千方百计打听么。。 真正的大牛在做什么根本不用打听,全世界都知道他在做什么,将要做什么,终极目标,终极理想是什么,根本不用打听。张峰想做什么,一个本科生都知道。
一个是苹果,亚马逊开创体系制定规范,比方说如果不是亚麻强推智能家居,这行业的流行起码还要晚五年。echo和echo dot推开市场,然后一大堆厂商挤进来做智能家居。
一个是富士康通过享受成本,规模,政策等优势把同行业从业者都挤垮。
当然富士康也很厉害,同样的政策只有富士康做大了当然有一套不传之秘,但是这是低一个档次的厉害了。
把施一公和郭台铭相比很不堪么? 说实话我觉得郭台铭厉害多了。
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