施一公到底有多牛(据说他的研究成果逼得国外很多实验室都关了门)?

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匿名的论坛用户   2020-12-29 01:28   22809   10
施一公肯定是得到了高层的大力支持这点毋庸置疑,但是他到底有牛呢?据说,他发了很多大牛论文,据说他获了很多奖项,据说他的研究又快又狠,据说国外很多研究小组千万百计打听他现在的研究方向,然后躲这个方向远远的以免当炮灰,据说由于他的研究成果又快又好已经逼得国外很多实验室关门了,据说他的成果又快又好已经逼得外国很多同行业大牛们申请不了经费发不了文章了........求确认
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热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:28:54
作为业内人士,心平气和地回答一下这个问题:

1.为何要做基础研究,为何要研究蛋白质结构

首先,某些高赞答案的工科思维让我非常反感。同时那几千赞也反映了社区普罗大众的科学素养还有待提高。其实这也并不奇怪。科学源于西方,中国科学起步本身就晚。而当科学传入中国时,让大多数人开始崇尚科学的是 '科技兴国','科技改变生活'云云……因此我们从一开始就对科学有个错误的认知,认为科学就是要来用的。加上中文科技一词,更让大多数人分不清什么是科学,什么是技术。


然而实际上,从科学诞生开始,科学的意义就是在于有什么立竿见影的作用。一项技术才问有什么'现实意义'作用,而基础科学研究的意义只是在于认识世界。你可能是 为了 解决一个迫在眉睫的问题 而去认识世界 ; 也可以漫无目的去探究世界,探究之前也不知道有啥用,直到某天突然发现一个新奇玩意,突发奇想 (例如CRISPR);  也可能探究完了也不知道有啥用,直到多年后,数代人的积累才发现,原来还可以这样子玩 (当时研究电子波动性的人,一定不会想到几十年后,居然有人能造出冷冻电镜这东西。还有人只是用用这东西就能 引来社区一片骂战???);


总之,基础研究的核心是增加人类对世界的认知。而其现实作用,只是其附赠品,而不是基础科学研究的核心。人类对世界的认知永远是有限的,这也决定了人类对知识的应用永远是短视的(比如,电磁场研究的动机 并不是为了发明手机刷社区; 电磁场理论提出后,也没有人会立马想到发明手机;) 。因此,通过短视的现实作用来评价科学发现的行为,是非常缺乏科学素养的表现。

澄清了基础研究的意义以后,谈谈作为基础研究之一的蛋白质结构解析,它的意义在哪里。所有的生物大分子,实际上都像非常精密的纳米尺度的机器。对于生物大分子来说,其结构和功能是密切相关的。就像探究发动机的原理,你不能架空其构造来空谈其工作的机制。

同样的,探究蛋白质的结构就是希望从构造来理解生物分子机器工作的基本原理。事实上,本人痴迷结构生物学的原因也是,她允许我们真正从物理以及化学的角度去解释生物学现象。光想想,无数个纳米机器日夜不断的启动DNA表达,制造蛋白,最终维持你刷社区这样复杂的行为。难道作为一个高知群体的一员,你不想知道其本质的原理吗?

对我来说,以物理化学的根本,去了解生物机器是做结构最迷人的地方。 而发现药物靶点啥的,不过是了解生命的附赠品罢了。

一些回答里讲,不需要知道结构也能研究药物。讲的其实就是不用知道到底是为什么,反正有用就行了。这套观念也像极了智慧的中国古人:管它指南针啥原理,能指路就行呗。说到底还是不懂做科学到底是为了什么。


2. 施一公和剪接体

很多社区用户知道剪接体都是通过施一公。而事实上,剪接体是真核生物区别于原核细菌最重要的区别之一, 其在分子生物学中地位,不亚于核糖体。而剪接体事实上也是比核糖体更加巨大,更加多变以及复杂的巨型分子机器。

人类对剪接体的认识其实很晚。在90年代早期,人类对其基本一无所知(当然现在很多人对剪接体认识也仅限于,这是施一公做的垃圾东西)。对剪接体的研究在90年代进入高峰期。然而,科学家很快就对 通过生化方法的间接认知 感到不满足,希望了解其分子结构。在21世纪初,人们一直在通过各种方法,尝试了解剪接体结构。无奈在2010年以前,冷冻电镜还在青少年阶段,而X-ray又对如此巨大多变的复合体无能为力。因此在2010年前,人类对剪接体的认知还十分表面。

然而在经历了2010-2014年冷冻电镜领域大跃进后,2015年施一公横空出世,发表了首个高分辨率剪接体结构(虽然回头看,那篇文章的确有很多缺陷),大大的推进了人类对剪接体的认知,也掀起了 解析剪接体结构的热浪。2018年的今天,当你回看2009年剪接体领域的文章,会有恍如隔世的感觉。而这种对一个领域革命性的认知,是完完全全由 了解其分子结构 推动的。

因此,抛开施一公实验室管理模式(本人不了解),以及施一公到底有多少创新不谈,只看其研究成果,是完全配得上发表CNS的。这不是灌水,而是实实在在的推进了人类对剪接体机制的认识

有些答案讲,发明电镜才牛逼,解个结构有啥牛逼的? 这也是典型工科思维。运用现有的科技去回答科学问题,本身就是科学的本质。同样的,回答了科学问题,才有可能而推动技术的进步。这就是科学与技术的因果轮回,没有孰高孰低。

而说解生物分子结构拿不了诺贝尔奖也是个大笑话。前文已经提到了认识结构对认识生物本质有多么重要。无论是开辟结构生物学的 DNA双螺旋结构,还是获得2009年诺贝尔奖的核糖体结构,都证明了 了解重要生物分子结构是完全配得上诺贝尔奖的。而剪接体结构,在10年以内肯定也是诺奖热门。施一公(不管他是不是真牛逼,后文会讲),作为推进领域的一个重要成员,一定也会是候选人之一。

3. 施一公到底牛不牛

本人对施一公教授对评价是:或许是大牛,但绝对不是神。

诚然,施一公的成果占尽了天时地利人和,有钱有资源,又碰上了冷冻电镜大跃进。但是,在15年,世界上Titan Krios也有数十台,其中包括了美帝名校和欧洲劲敌。然而,解出剪接体结构的第一人却偏偏是施一公,光从结果上来说,施一公确实不一般。

来多讲点科学八卦。当时,施一公的劲敌包括马普所的Reinhard Lührmann ,以及剑桥的Kiyoshi Nagai。

Reinhard Lührmann 是剪接体领域公认大牛。剪接体蛋白一大堆都是他的儿子,他也提出了不同阶段的剪接体纯化方法,并解出了数个早期低分辨率的剪接体结构。其手下Holger Stark也是冷冻电镜领域的先驱者之一。冷冻电镜数个数据处理方法都是由他提出。这样的科研组合令人闻风丧胆。但是第一个解出剪接体高清结构的却不是他们。

剑桥的Kiyoshi Nagai,更不用多说。首先剑桥的学生再次也不会比清华差,而Nagai本人就是剪接体领域先驱之一,同时也是结晶专家。剑桥MRC更是令人望而生畏的结构生物学圣地。MRC开发的数据处理软件一手推进了冷冻电镜领域。然而,第一个解出剪接体结构的也不是他们。

因为工作原因,本人和Reinhard Lührmann还是有一些接触的。15年施一公发表首个结构的时候,Reinhard 这位 Godfather of Spliceosome 是被震惊了。足以见得这篇文章在领域内的震撼力。

因此打败Lührmann 和Nagai作为首个高分辨率剪接体结构发表者,就已经可以吹一辈子了。


目前世界上冷冻电镜已经超过200台。坐拥数台电镜的研究机构中,不乏哈佛,普林斯顿,UCSF这样世界名校。然而剪接体领域仍然只是被这三个大牛组强行霸占,形成三足鼎立之势,足以说明,某些答案中,随便一个生物物理教授拿到电镜就能发文章的论点是没有依据的。也不要讲美国人不想费钱搞这个,骗中国人花钱。实际上,美国电镜是全世界最多的,美国在冷冻电镜的某些领域也仍然是世界顶尖的。而美国人聘颜宁,德国人聘柴继杰,也充分说明了,中国人确实在至少在某个领域,已经进入世界一流了。

在某些人眼里,国人获得世界领先,就是别人不想搞让给我们的。对于这种心态....呵呵

有人会问,既然施一公这么牛,为什么你说或许是大牛?原因非常简单,施一公的确做出了非常了不起的研究成果,但是其成果的确缺乏开创性(缺乏开创性 和 研究的重要性并不矛盾)。首先,纯化剪接体的方法大多是像Reinhard Lührmann 这样的先驱提出来的。第二,冷冻电镜领域也没有施一公的一丝贡献。

因此,对于施一公准确评价是,站在巨人肩膀上,收了一波韭菜。但他牛就牛在,这波韭菜价值非凡,而且击败了种韭菜的土著人,强行收割。


总而言之,施一公的工作的确是意义非凡的。施一公击败两位领域大牛,独占山头,到现在形成三足鼎立,足以说明他在这个领域已经跻身大牛行列; 在全世界已经有200多台冷冻电镜的情况下,这个热门领域 却挤不进第四个人,也说明这个领域门槛并不是某些人说的这么低。但是,由于他不是这个领域的开疆辟地之人,也注定他在这个领域永远无法和Nagai, Lührmann 等先驱相提并论。

注:

1.本文只讨论基础研究,以及了解蛋白结构的意义,以及施一公其工作的重要性。施对其实验室管理方法以及人才培养理念,本人不了解,也不在讨论范围之内。


2.写本文动机并非为施一公教授辩护,其实更多是为基础研究辩护: 感觉国内过分讲究功利,会敲几个代码 就自以为无法无天了。很多人,包括一些名校生,过分强调直接的经济利益而 轻视 效用不明显的基础研究。这是一个非常可怕的趋势,特别是在受过高等教育年轻人身上看到这样的趋势。



当然这和中国物质匮乏仍然有较大关系。在经济发达,衣食无忧的欧洲强国,你会发现很多人会去追寻自己感兴趣的专业而去学,而不只是功利地考虑经济利益。


而你如果在欧洲问一个人,为什么学环境科学,不学更好找工作的金融计算机,他一定会用看智障的目光看你,然后很同情地讲一句: 老子喜欢



(扯远了)d

增1: 感谢@王东岳提醒。第一段"无用的研究"是相对于"有用"的技术而言。其"功利"作用虽不明确,而其"增加人类对世界的认识",即科学上的意义是明确的。
3#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:28:55
说真的,施一公这类生物实验室,要感谢国内学生劳力廉价,智力不低,便宜好用还耐操。
月薪3000,能从早上七点半,给你干到晚上两点。
我有个同学做结构,不算大牛实验室,比较努力,五年毕业时手上三篇10左右的文章,只会纯化蛋白。
出国博后转做生化机制,感觉很多都不会,从头学。
标准结构实验室都是流水线操作,构质粒,纯蛋白,结晶 NMR或冷冻电镜,出结果收数据。
第一年你就构质粒,研二开始纯蛋白结晶收数据,每个模块上轮一圈,最后有可能固定在某个模块上不动,成为流水线一部分。
其实不只是结构实验室,构转基因小鼠也是如此。
国内做小鼠的技术还挺强的,吃苦又手巧。
设计敲除位点,转录sgRNA;小鼠超排,取受精卵,胚胎注射;输卵管移植;基因型鉴定,表型鉴定。
四个步骤轮流走,也是流水线。
最近和这方面实验室合作,对接的学生只做第一步。
问了问其他几步的细节,一年级时他们都轮转过,时间久了,其他步骤细节不太清楚,要问其他人。
当然,这种工作方式分工明确,效率极高,最出成果。但这和中国以前作为世界工厂有什么区别?
冷冻电镜是别人发明的,构转基因小鼠的技术是别人发明的,基因测序的机器是别人发明的。
国人在流水线上任何一步都能做得不错,精细化分工,提高效率。
但别人不给你工具呢?你用什么做科研?
施一公的科研成果和水平确实很好。
发了足够多,足够漂亮的文章,每个蛋白结构解出来,对研究那个蛋白的人确实有用;也让好多学生成了老板,开了自己的实验室。
工作量大,有执行力,但总觉得做法不那么漂亮。
可能这就是你真聪明,和你真努力的区别吧?
毕竟施一公的学生们都是聪明的清华博士。
努力到 我都不知道聪明还有什么用了。

---
并没觉得施lab这种做法很不妥,这是目前最能出成果的做法。但这毕竟依托于经费足,人力廉价。
另外,国内生物行业目前远远没达到科研产业化,大部分科研停留在实验室阶段,这导致生物就业道路狭窄,从业人数供大于求,薪资水平低下。
施作为一个行业的风云人物,多次只谈理想,不谈薪资,对生物行业不切实际鼓吹,希望吸引更多高素质低价劳动力入行,也是容易遭黑的一点。
4#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:28:56
一看这题目,就知道是有人要真·黑他无疑,
我本来不该回答,免得得罪人,
就算不得罪人,也是个文人相轻,
但是这问题都在我TL上刷了一个多月了还在,实在是欠...

正如标题一样,
这样的话语在大妈大爷那里很有煽动性,遭吹
但是在年轻一代,基本上遭黑

本来我想不吹不黑,但是既然他们已经是大吹大黑了,
那我也做点wei小的工作吧...

他绝对是国内生物界的CNS一哥,
他从普林斯顿回来之前也已经发了很多了,不能全归结于国内大力买冷冻电镜,
当然了,国内大力买,确实能把国外砸绝望,直接碾压垄断,
但是这个我不羡慕,我羡慕的是他和Science editor的关系而已,

很多人说他用冷冻电镜是技师活,流水线,无技术含量,
我想大概是因为他太红了吧,
因为我看那些天天开炉子烧罐子刷JACS,Angew.Chem.AM的,也没啥人黑,
区别只不过是罐子可能几万块,冷冻电镜几千万吧~

创新从来就是用来黑人用的,
专用于怼不过的情况,
你这有啥用啊?你有创新么?你能产业化么?(素质三连

能发CNS就不错了...
我倒也不是用CNS反驳,
我知道大部分人的意思,就是吹的太过了,看着不爽嘛,
如果没那么多人吹,肯定也不会被这么黑了...

至于说,
牛逼的人是做活一个方向,让更多人有饭可吃,更多的人有工作,
而不是做死一个方向,直接垄断,让别人无处可走,
这个要求太高了,恐怕能做到的人太少,不能老是圣人标准啊...

还有被黑的另一个方向,以段子起手吧:
气氛凝重的ICU病房。
他躺在床上,双目紧闭,双唇惨白。
八百度的镜片已经好几天没有擦,高高的发际线泛着油光。
导师,父母,师弟,师妹围在床头,医生各种手段已经用尽,仍然不能唤醒他的意识。
“师兄醒醒,你的SCI过审啦!”
“师兄醒醒,你的菌种筛出来啦!”
“师兄醒醒,北美那边同意你的申请啦!”
人声嘈杂,充满迫切和焦急,可他始终紧闭双眼。
主治医师默默摇了摇头,望向了白发苍苍的导师,导师紧皱眉头略加思索,掏出手机,按了几下,放在了他的耳边。
病房响起了施一公激昂的声音:“二十一世纪是生物的世纪。。。。。”
一句话没说完,他的眼就已经睁开:“放你娘的....”
作者:蒙歌
很多人不喜欢他劝进...
我觉得他是校长,立场太强,基本就是官媒,
如果他说负面,你想想那效果,妥妥的无法直视,
不能和我们一样随便喷...

最后以和我一个天天看新闻的大爷的聊天记录结尾吧:




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5#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:28:57
方舟子早就说施一公就干的工匠活,结果成了神。

施一公师徒的问题就是没有专攻,
并不是围绕一个自己解析好了的结构继续深挖,而是又Jump到别的蛋白去发CNS去了。
他们对结构生物学的贡献还如不Yifan Cheng呢。

我有两个问题:1 他们师徒解了这么多蛋白结构到底解决了什么重要的生物学问题? 2 这些结构他们不去解别人是不是短时间内解不出来?

去年因autophagy得诺奖的Ohsumi说过,当竞争成为第一位的时候,这样的科研是没有
多大意义的,真正重要的工作是开启一个全新的领域。就像Seymour Benzer,当年决定用果蝇去研究昼夜节律的时候,几乎没有人相信能成功,因为大家想象中节律太复杂了不可能单基因控制的,但他筛出了第一个控制节律的突变体per,直接踹开了节律分子
机制的大门,那篇文章发在pnas上,不是cns。颜宁师徒能问问自己这么多年发的cns加一块能有Benzer的这篇pnas重要吗?


做结构的一直在号称蛋白结构解析可以指导药物设计。
颜宁和施一公需要做的事情是弄出一个drug来,而不是继续不停的解更多的蛋白。
就算弄不出新药,像晓东一样开个公司做更好的me2 drug,也算造福社会。
说白了,还是解结构顺手了,不愿跳出comfort zone。

老实讲,施一公做的东西都是垃圾,对国家一点贡献也没有

施一公每年骗走几千万科研经费够盖多少所希望小学,给农村孩子买多少营养午餐
结果呢,学生物的都知道,他做的电镜实验每个月都发science,都是为美国人的生物研究做嫁衣,理论创新也没有,对中国的实际用途也没有
没有任何一个中国企业或者研究机构会用他的结果做任何东西。

你看施一公最近几年发的文章题目就知道
都是
structure of ........
都是电镜做结构的论文,这种论文说不好听的,就是拿中国经费给美国人免费做实验
还不是什么高级有创意的实验,就是廉价劳动力

看到颜宁一篇文章讲她做的一个晶体结构别人比她早两周作出来了,她有多难受.
尼妈,如果你们这些工作别人早两周晚两周也可以做出来,科学的原创性在哪里?早两天晚两天对个人意义重大,在科学发展上有区别吗?而且都是要公开发表共享的.

有些基础研究还是要支持的,因为你也不知道将来哪块云彩会下雨。而那些没有技术含
量全靠堆人工的伪高科技就算了吧。记得以前普林斯顿彦采访中说过手下学生得到新结
果以后她就一个星期内不睡觉写出文章寄出去,有语法错误都不管了,因为迟一步说不
定就有国际上其他组搞出来了。你说这种搞的是高科技吗?有她没她不就是差个把星期
的事情吗?

别人发明了显微镜以后全世界只有几个组里买得起,所以得赶快用它多看看周围,不用
逻辑,不用动脑子随便看看就是一片自然或科学,多雇民工就能多看东西。你说它不重
要吧,看的也是前人没了解的东西,你说它重要吧,门槛太低级,就是多雇两个民工的
事,而且只是早个把星期发现而已,所发文章只能赢得点赞,没啥实用。




nyouyou

今天 01:31 来自 微博 http://weibo.com

15年8月,在瑞士开会。闲逛一会无聊手欠给Science的editor写了一封presubmission enquiry,竟然几小时之后就收到回复,“我下周去度假,你能不能本周五之前把文章
投过来?”我顿时头皮发麻啊,这是明明白白在告诉你:人家手上已经有something,
你赶紧识时务点快投快投啊。话说当时我手上只有两个figure和introduction,别的部分还在优哉游哉呢(因为当时我觉得分辨率低,有点不好意思发表)。不管了,跟学生利用时差,我写一部分就发给他们proof read。6个小时睡眠之后再接力。除了必须的
开会,吃住都在hotel,会议安排的游山玩水一概逃掉。终于,在我去火车站之前的10
分钟完成了submission;然后坐火车到米兰,在机场查E-mail,竟然已经送出去review了。这是我记忆里面写稿最狼狈、接收最顺利的一次。谁让那是一个太重要的结构呢。后来Nature编辑告诉我说,我竟然没把这篇投给他们,有点吃醋,hoho。怎一个得瑟了得.


越看越觉得颜很low,心平气和地讲,没有酸的成分,大家不同意尽管可以批评。之前
看过她在清华开学典礼的一个演讲,说解一个蛋白结构怕被别人抢发,天天盯着cns看
,心情跟过山车一样,就觉得很low,整个演讲思想浅薄没有一点深度,这样的科研你
不做别人一样很快做出来,除了吹嘘又发了一篇cns能有多大的意义?现在又搞了三天
发science这一出,“后来Nature编辑告诉我说,我竟然没把这篇投给他们,有点吃醋
,hoho。怎一个得瑟了得” 只要智力稍微正常的人都可以从里面读出来浓浓的炫耀味
,哎,不就是又一篇你不解别人一样很快解出来的结构"cns"嘛,现在又出来发澄清声
明,字里行间里都是欲盖弥彰的味道,怎一个low字了得。。。




就颜宁这段话,没被洗脑过的人,谁敢这么说,不是被人笑死了:

======================================================================================
接下来,就是我永远不会忘记的日子,2011年7月11日。如果你们去查日历,那是星期一,是在中国看到《自然》新论文上线的日子。我本来应该早上6点出门去机场,在5点55分的时候,我打开了《自然》在线,第一篇文章直接砸来,砸得眼睛生痛,因为这篇文章的题目就是《一个电压门控钠离子通道的晶体结构》,这正是我们在做的课题,也就是说,我们被超越了。我们一直说科学上只有第一,没有第二。而现实是我们再也没有可能在这个课题上成为第一了,惨败!我把论文打印出来,交给了当时正在做这个课题的张旭同学,她立即泪崩。可是,我们别无选择,晶体还在日本等着我们。于是一切按照原定计划,我们飞赴日本。一路奔波,晚上7点赶到实验线站的时候,那里的工作人员一脸凝重地对我说:“颜教授,你们寄过来的低温罐似乎出了问题”。我心里一沉,这意味着晶体可能出了大问题,这可是我们过去三个多月所有的心血结晶啊!在刚刚承受了被超越的打击之后,这个事故可真是“屋漏偏逢连夜雨”。

这种赛跑式的科研够丢人的。

这是包身工式的科研。

典型的被义工洗脑了。

在清华毕业典礼将话,早晨起床第一件事,查看Nature论文,真是脑子进水了,不知道她这样追求灌水,会被人笑掉大牙吗




颜宁和施一公工作最大的意义就是


灌水,灌高档次的水,帮助学校和国家刷排名!

什么科学的进步,人类的认识进步,推动学科发展,都是鬼扯。

国家要搞面子工程,要排名;

大学要搞面子工程,要排名,要蒙骗国家的钱;

现有的排名指标里,灌水是重要的指标, 颜宁和施一公可以通过灌水来帮助各方面改善指标。

这就是他们的最大的意义。

他们是这套评价体系的最大受益者, 也是这套评价体系的支持和维护者。

什么时候这套体系挂了, 他们的工作就扯淡完蛋了。

不过,要等CNS彻底完蛋,那有的等了。估计等着产党脑子转过弯来,不花钱刷排名,干更有意义的事情更可行一点。

到时候,他俩又得跑路换个新的宿主了!

当然,能灌高档次的水也是有点水平的,也是高手。

时势造英雄,今天这科研管理体制造就了施一公和颜宁这样的灌水英雄!

要是太祖当年,这俩这么浪费钱瞎灌的话,早就被拿下了。



ZT:施一公、颜宁离诺贝尔奖还有多远?

只又是一年一度的诺贝尔奖揭晓时,作为论文大国、科研经费大国、科研人员数量大国的中国又一次与这科学盛宴绝缘。国内媒体动不动就喊“诺奖级”成果的今天,到底离诺贝尔奖还有多远?今年的诺贝尔化学奖授予了对冷冻电镜技术做出杰出贡献的三位科学家,国内两位学术明星施一公和颜宁的工作离不开冷冻电镜,他们也曾被媒体赞美做出了“诺奖级”的工作,他们离诺贝尔奖还有多远呢?
    施一公和颜宁这对师徒同为结构生物学家,他们在CNS(Cell、Nature、Science)上发表了数十篇论文。这个数据是非常恐怖的,国内很多知名高校建校以来还没在CNS上有这么多论文,大多数诺贝尔奖得主也是对这个数据望尘莫及。这么厉害,诺贝尔奖会不会向他们招手呢?今年的诺贝尔化学奖实际上已经回答了这个问题。
    瑞士生物物理学家雅克·迪波什(Jacques Dubochet)、德裔美籍生物物理学家约阿基姆·弗兰克(Joachim Frank)和苏格兰分子生物学家和生物物理学家理查德·亨德森(Richard Henderson)获得2017年诺贝尔化学奖的理由是:研发了冷冻电镜,简化了生物细胞的成像过程,提高了成像质量。冷冻电镜的分辨率能够达到分子级别,同时能够保持生物分子的自然状态。冷冻电镜的出现让结构生物学蓬勃迅速的发展起来,将诺贝尔奖授予冷冻电镜的研发者,实至名归。

    为什么没有给施一公和颜宁呢?他们只是冷冻电镜的受益者,并且他们做的工作也只是依靠电镜解析出蛋白质的结构。蛋白质几十万种,比较重要的至少几百上千种。在电镜下得到蛋白质的结构并非是高大上的开创式研究,得到蛋白质的结构就能发CNS,在崇拜CNS的国度里,这是绝好的论文灌水机会。施一公和颜宁能在CNS灌水那么多,得益于清华大学有得天独厚的优越条件,清华大学专门用了一栋楼去安置3台先进的Titan Krios电镜,施一公还打算再购进一台。有这样的先进设备,换另外的生物学教授也能很快解析出蛋白质的结构。施一公、颜宁等结构生物学家的成功并非是他们的伟大,而是冷冻电镜设计者们的伟大。施一公、颜宁等人发的CNS越多,就越能说明冷冻电镜的设计者们开创出一片新天地,只会让冷冻电镜的设计者们更快的摘取诺贝尔奖,他们自己是不会凭解析出蛋白质的结构得到诺贝尔奖的。
    施一公和颜宁应该清楚他们这样一个个的去解析蛋白质结构是不可能得诺贝尔奖的,或许他们本来就是喜欢一篇篇的CNS。他们的工作和“诺奖级”根本不是在一个层次,施一公、颜宁离诺贝尔奖的距离和路人甲、路人乙距诺贝尔奖的距离是一个数量级的。
    要想在解析蛋白质上摘取诺贝尔奖,只能跳出现在的方法。如果有谁开辟出解析蛋白质结构的新方法,能够将现在的解析过程巨巨简化,想必也是可以摘到诺贝尔奖的。这样的新方法,至少目前还看不到。
6#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:28:58
牛人可以使无数实验室开张而不是关张。
上周张峰和David Liu发了 非依赖DNA双链断裂的AT->GC定点突变的文章(我没看张峰那篇),你猜能带给多少实验室饭吃?我们已经摩拳擦掌的准备用他们的方法大干一场了。


楼下有个回答基本触及到了为什么大家疯狂diss 11g的本质
那就是“解析蛋白到底有多大用处”

作者说
1 解析蛋白是很有用的,比方说装载进cargo运输对基因治疗至关重要
2 base editing有很多问题应用不佳,所以和11g比起来没有优劣之分。
遗憾的是,现实不是这样的。基因治疗做片段删减一定要有结构知识指导么? 不一定。比方说一个200kD的氨基酸的蛋白太大装不进腺相关病毒,解决方法是多做几个删除片段,寻找不影响蛋白功能的一个片段克隆装进去就是了,有没有结构一样做
base editing 有很多问题应用不佳。但是base editing是一个非常重要的建模手段,可以很方便的在模型中验证一些突变/snp是不是“driver”基因。在模型中验证后就可以考虑开始筛选抑制剂来寻找治疗手段了。base editing在建立模型中的作用是非常巨大的。同样的,IPS也不能直接拿来治疗病人,但是IPS可以拿来把病人的(携带突变)的组织建立成干细胞然后无限扩增,这是以前很难做到的。并且通过将干细胞在分化还可以获得常规手段无法获取的病人组织。比方说用病人的皮肤细胞可以获得含有病人基因组的神经细胞,这是常规手段难以获得的。
科学研究都是为人类认知世界做贡献,问题是有的研究不仅仅是为人类的认知世界做贡献,而且还为人类做贡献。比方说几十年来生物医学的基本研究套路是
寻找突变--通过研究突变研究基因功能--寻找“drugable”靶点--筛选抑制剂--转化入医疗实践
(红包时间:这也是“为什么我们要花巨资研究极其罕见的遗传病?”的最佳答案)
而结构生物学,很遗憾是游离于目前的生物医学体系之外的。生物医学的整个研究过程中并不依赖结构生物学的知识。一般认为知道结构以后可以简化筛选抑制剂的过程,但是现在都是机械手或者学生加样大范围筛化合物,是否知道结构的意义并不大。而且现在解出来的结构也是Artificial的,并不能反映生理环境下的结构,所以根据结构来优化筛选很可能并不成功。 另一个常见的说法是结构生物学在合成生物学领域非常重要。解析出了酶-底物接合区的结构,指出了具体哪个氨基酸负责结合底物,突变这几个氨基酸就如何如何之类,所以了解一个蛋白结构之后就可以给改造这个蛋白质提供指导。但是实际上改造酶有没有结构也一样做,只不过是比对不同种属里同一个蛋白的序列,再做几个突变就找到关键氨基酸了。至于改造蛋白,David Liu的文章里面改进了7轮那个工具酶,用的还是随机突变定向压力选择。
把华大和11g相提并论并不公平。华大烧钱搞流水线是真真正正的打基础。华大测一个物种,就把3', 5' race, cDNA libarary从一个物种中淘汰,节约了研究者大量的时间(well,这些技术在小范围内还是有用的,不过做克隆用不着了)。

毕竟现在我国的钱还没有多到可以随便为人类认知世界做贡献的程度,还有很多现实问题亟待解决。

另一个红包时间,中国的生物研究难发顶级期刊最主要的原因是资源的垄断。
一方面是技术的垄断。单细胞测序,高通量测序最初的文章都是CNS,原因很简单,只有Broad,斯坦福他们才有原型机不对外服务。为什么只有他们有原型机?因为只有他们才有硬件软件人才环境。比方说最近刷time line的BD机器人,只有他们有这机器人,他们跳个箱子出一篇顶刊,跑去挖煤出一篇顶刊,跑去蹦极再出一篇顶刊,中国做机器人的就发不出顶刊。更深一层为什么只有BD能做出机器人?他们有最顶级的硬件/软件。(然而颜宁在微博里公开说“我特么的不关注技术点点点”)
另一方面是样本的垄断。比方说转化医学是很容易发顶刊的,给病人上了新药,然后收集样本捣捣浆糊找找突变就是篇顶刊了,然而中国新药实验审批比美国慢大约10年,所以在中国这方面研究就很难发顶刊,没那么多剩饭给你吃。现在国内做CRISPR, PD-1, CAR-T很热,因为这几个是中国可以和美国同步的,三年后肯定井喷国产顶刊文章。有钱烧的话,测他100个PD1病人,每个病人测他1000个细胞,单细胞DNA RNA全上,肯定也是cell。别笑,chinnaiyan那篇cell就是这么发的。MSKCC IMPACT测了一万多个病人的外显子序列,rnaseq,也是cell。 这是真*大力出奇迹搞出来的数据库,还很有用,每出一个都是全学界的一次狂欢。FDA最近已经批了MSKCC impack用于指导化疗/靶向治疗。 东亚裔有人种差异(易瑞沙就是例子),要不要搞自己的基因库?啊呀贫穷限制了我的想象力,才100个病人。。。扯远了。。。

同样的,为什么很多有很好文章的年轻人回国就发不了好文章了?没有环境的支持了。

11g之所以能大量发顶刊,也是因为打破了硬件上的垄断。只是大量发这种文章的性价比很低。说实话,我不酸华大。

以上是我对生物医学领域的观察,欢迎大家讨论。希望同设计并完成过课题的童鞋讨论。


施一公的风格是典型的上世纪的中国制造。
市场上流行什么就做什么,生产资料全部进口,靠着成本控制和手快把产品卖到国外占领市场。
说 “据说国外很多研究小组千万百计打听他现在的研究方向,然后躲这个方向远远的以免当炮灰”。 外行觉得哗好厉害啊吓得别人都不敢竞争。  实际上内行一看就笑了,科学家 “现在的研究方向”还要千方百计打听么。。 真正的大牛在做什么根本不用打听,全世界都知道他在做什么,将要做什么,终极目标,终极理想是什么,根本不用打听。张峰想做什么,一个本科生都知道。

一个是苹果,亚马逊开创体系制定规范,比方说如果不是亚麻强推智能家居,这行业的流行起码还要晚五年。echo和echo dot推开市场,然后一大堆厂商挤进来做智能家居。
一个是富士康通过享受成本,规模,政策等优势把同行业从业者都挤垮。
当然富士康也很厉害,同样的政策只有富士康做大了当然有一套不传之秘,但是这是低一个档次的厉害了。

把施一公和郭台铭相比很不堪么? 说实话我觉得郭台铭厉害多了。
7#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:28:59
施一公的工作是有价值的 但缺乏科学思想和方法上的创新性  有点偏重于基于高技术装备的工程性质工作 在基础理论方面的价值不是那么高(具体可以参考方舟子的评价)。
有时候媒体吹得太过引人反感,但是因此对施一公恶语相向是毫无道理的
8#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:29:00
我不认为他的成果逼得国外实验室关门,而是他的成果让国外实验室认识到,结构解析这一块,已经没有必要浪费钱浪费人去做了,因为结构解析现在只需要花钱花人就可以,既然中国有钱又有人,我们干嘛要去做,让他们去做好了,nature也好,science也好,每年腾出点版面来给他们发文章,又不会掉块肉
我特别认可一个观点,一个真正的大师,应该是在某个方向上打开大门,告诉其他人,进去吧,里面有无数宝藏等着你们去挖
而不是,他进去了,把门一关,你们都别进来了,里面的东西都是我的,其他人窃笑,其实我们都知道,里面已经没啥东西了
9#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:29:01
因为我做过xrd方面的工作,和施大研究蛋白质结构还有一毛钱关系,说几句听到的吧。
施大确实很厉害,这毋庸置疑,绝对是神级的,智商和学术水平,高山仰止。但施大组里成就,还是得到的支持有关,其实施大的组类似当年屠呦呦当年的“523抗疟药”项目,资金人力都不是问题,这种支持是国外实验室做梦都不敢的。
蛋白质结构研究就三种方法,xrd,核磁共振和冷冻电镜。施大用的冷冻电镜方法,这首先就选对了路线,其次,施大组里有世界最大的冷冻电镜系统,相比于国外排队用个电镜得等半个月一个月,施大组里随时照…分分钟感动哭了好么…这种级别的待遇是多少科研狗做梦都不敢想的…
话说回来,科研就是砸钱,没设备,没成果…
当然,最后黑一下,国内生物狗也是太廉价了…
10#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:29:02
他们确实非常牛,具体你们看高票的回答就好了。

11g培养的是跟寿司之神一样的人才。

这是一种什么精神呢?职人精神!

在寿司之神那里,你第一件工作就是拧毛巾。大概要拧1年。要又干爽又有热气。

第二件事是煮饭,至少要煮3年以上的训练。卖米的大叔都说只有寿司之神才配煮我们家的米饭。

第三件事就是煎蛋。要学至少10年,你才有机会碰鱼。

寿司之神的儿子讲,我都60了还没有完全学好,每天坚持去买鱼。有的学徒不努力,天赋好不好不重要,每天至少要坚持煎蛋12个小时才行。

11g简直就是生物之神啊!!

第一件事就是摇细菌,快了不行,慢了不行。要做到又密度合适,气味还要正!至少需要1年训练。

第二件事是提质粒。又纯量又大。需要3年时间训练。

第三件事就是点晶体,没有点过十年晶体你根本不知道电镜装啥样。

生物之神讲我最喜欢的事情就是提质粒,每天坚持提质粒腰不痛了,腿不抽筋了,心情爽爆了。我一天不提就要骂人。

生物之神的门徒X柠讲过,你们年轻时候多努力,跟我一样多去点点晶体,我每天都工作16个小时,CNS大大的有。

以上纯属调侃,寿司之神的电影是真的,有兴趣的朋友可以去看看。你就可以体会到11g的牛!
11#
热心的小回应  16级独孤 | 2020-12-29 01:29:03
如果把发明冷冻电镜类比为发明的指南针;
那么,
施一公要想获得诺贝尔奖至少要像哥伦布发现新大陆一样;
如果发现的只是“钓鱼岛”这样的小岛,想获奖就是天方夜谭。
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