access2013数据库实验笔记_FunRich数据库：一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立 ...

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选择匿名的用户   2021-5-23 22:50   350   0
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<div class="rich_media_content" id="js_content">
  <p><img alt="2ffa068d459e611a02b0dd0c842c06f5.gif" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-f1d2a24597b4484d007f3fc2e2fe58d8.gif"></p>
  <p>TCGA | 文献阅读 | R语言 | 数据库 | 理论知识</p>
  <hr>
  <p>今天给大家介绍一个工具FunRich，FunRich (Functional Enrichment analysis tool) 是一个主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析的独立的软件工具，我们前面介绍了TCGA数据库的各种数据下载与整理，获得的表达矩阵可以绘制热图，可以进差异分析，差异分析获得的差异表达基因，可以用于后续的KEGG ，GO等分析，我们这里就介绍FunRich工具，可能大家之前都用DAVID这个数据库，不妨试试FunRich这个工具，功能很强大。</p>
  <p>往期相关文章：</p>
  <p>TCGA数据库：RNA-Seq数据的下载与处理</p>
  <p>TCGA数据库：SNP数据的下载整理及其可视化</p>
  <p>TCGA数据库：miRNA数据下载与整理</p>
  <p>TCGA数据库：ATAC-Seq数据的下载整理及其可视化</p>
  <p>TCGA数据库：GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析</p>
  <p>一文就会TCGA数据库基因表达差异分析</p>
  <p>一文解决TCGA数据库临床数据下载与整理</p>
  <p>基因表达谱热图绘制</p>
  <p>GraphPad Prism绘制生存曲线和R语言批量绘制生存曲线</p>
  <p>一个R脚本解决某类功能基因(比如m6A甲基化)临床预后模型分析流程</p>
  <p>肿瘤免疫细胞浸润与临床相关性分析</p>
  <p><strong>一.软件下载</strong></p>
  <p>网址：http://funrich.org/download</p>
  <p><img alt="f1e0992f3f77420f0fd360e4c03a19d3.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-5f59161f43c90c52bd2ec190a175235d.png"></p>
  <p>该软件下载后，无需安装，解压即可使用，是不是很方便。</p>
  <p><img alt="e75cf85a56497ca16c4ecced58d135e2.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-532e9d834cbd361feaa91cac7ea770c8.png"></p>
  <p><strong>二.软件首页</strong></p>
  <p><img alt="6f5a4b631814325e2b33fd8d112f265b.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-d5bed6b70a55c600011e040881c8f55f.png"></p>
  <p>我们后面一一介绍。</p>
  <p><strong>三.导入数据</strong></p>
  <p>点击Add dataset ，粘贴我们的基因。我们也可以导入数据集(基因集)，可以是我们差异分析获得的差异表达基因【参考文章：TCGA数据库：GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析，一文就会TCGA数据库基因表达差异分析】。这里我们以limma包和edgeR包差异的分析结果为例。</p>
  <p><img alt="6ad437a5b2b31d2e7aa47f77e59c0968.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-d0fee958112f85842d2a2d77ed2fc6a4.png"></p>
  <p>点击Apply，我们可以看到，有些基因在数据中没有。</p>
  <p><img alt="12738460a232052dd46d192d266dfbd4.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-b82e1361a2b554c1212c2be05ba05d0b.png"></p>
  <p>点击OK后，如下图，我导入了890个基因，数据集里面的基因名和数据库自带的背景数据集基因名可能会不符，只有761个。</p>
  <p><img alt="1f8fe71cc7ce43da892634d058001e24.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-b20708534ebf9c934a3eda51c77daaf0.png"></p>
  <p>点击Manage会显示符合的基因列表，可以复制下来。通过Excel中的VLOOK-UP函数与自己原基因列表比较找到不符合的基因，通过其他数据库，找到另外的基因名，再重新导入，也可以忽略。这里就忽略了。我们还可以点击Remove可以删除掉这个数据集，当然，这里就不移除了。</p>
  <p>同样的方式，我们导入limma分析的差异基因，这样就有2个数据集啦。</p>
  <p><img alt="feb71800bf02f99a80bd7dcb345a8573.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-f53fe1c9ca2829d98f5fb2afe8715936.png"></p>
  <p><strong>四.分析</strong></p>
  <p><strong>1.韦恩图绘制</strong><br>在Venn Diagram栏中，点击Venn，选择要分析的基因列表，我们选择limma和edgeR数据集。</p>
  <p><img alt="b00e2ae001f41f6f8a0780f528b6d1d6.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-d2bc130d2c3fd336968f0e18fedb211e.png"></p>
  <p>点击OK,我们就可以得到一个图啦</p>
  <p><img alt="843edddd5d895bbe8104d4e11b671dda.png" src="https://beijingoptbbs.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/cs/5606289-dc856cd35c6f9a4b4200967eae8e3ad4.png"></p>
  <p>我们把鼠标放在数字上，点右键，会出现3个选项，点击show genes，可显示对应的基因列表。点击Export to Excel file导出为Excel文件。如果想进一步分析，点击use as a new dataset，会出现一个名为selected的新的基因集，点击OK。</p>
  <p><img al
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