诸葛亮和其兄诸葛瑾分别是蜀和吴的重臣，为什么诸葛家族在魏晋南北朝并不出名呢？

首先，在解释题主这个问题时，需要解释几个小问题。
1.诸葛氏显名之源流并非自诸葛兄弟而起，而是自西汉司隶校尉诸葛丰而起，这是我们应该了解的。

《晋中兴书》曰:“诸葛氏之先,出自葛国。汉司隶校尉诸葛丰以忠强立名,子孙代居二千石。三国之兴,蜀有丞相亮,吴有大将军瑾,魏有司空诞,名并盖海内,为天下盛族。

2.诸葛氏原非两汉高门显族
从官位上看，诸葛氏家族在两汉之际并无显官。
《中兴书》纵然提到“子孙代居两千石”，但纠其实，诸葛氏家族在三国以前也并非十分显赫的高门旧第，无法与东汉才兴起弘农杨氏、汝南袁氏这类四世三公之门相比，自诸葛丰之后，也并未有十分显赫的官吏人士记录在史。诸葛亮父诸葛珪，于汉末亦不过泰山郡丞，叔父诸葛玄由地方实力派表荐，方至豫章太守。诸葛兄弟流寓荆扬也并未立即受到重视，诸葛亮凭借个人能力，以联姻、文化的方式逐渐融入荆州名士圈，方才显名。而诸葛瑾在扬州开始业只能与步骘等淮北流寓人士相友，可见其门第并非当时重门。而从文化传统上看，诸葛氏家族似乎并非传统意义上的儒学世家。其始祖诸葛丰即非纯粹的儒士，虽然有儒学修养，但在其行政手腕中仍然表现出很强的法理气息。而这种状态甚至可能影响其家族，从诸葛亮之思想中可见一斑。

《汉书》：“诸葛丰，字少季，琅琊人。以明经为郡文学，特立刚直。贡禹为御史大夫，除丰为属，举侍御史。玄帝抉为司隶校尉，刺举无所避，京师为之语曰：“间何阔，逢诸葛。”

陈寅恪先生曾经对世家与寒门做出一个界定，即“其为学也,则从师受经,或游学京师,受业于太学之博士。其为人也,则以孝友礼法见称于宗族乡里。然后州郡牧守京师公卿加以征辟,终致通显。故其学为儒家之学,其行自必合儒家之道德标准,即仁孝廉让等是”
陈论有非此即彼之嫌，先不论他这个观点的对错与否，我们只论其可取之处。从汉末诸葛兄弟及其子嗣之行来看，诸葛亮之思想颇有杂糅，诸葛诞涉浮华，而诸葛瑾虽“少游太学”，性格弘雅谨慎，但其子嗣如诸葛融、诸葛恪“少学章句，博而不精”，行事也多为放荡。所以就其门第与文化素养来看，诸葛氏家族在两汉之际并非高门大族，但也并非寒门单家，两汉以来，恐怕更多是以地方大族的姿态出现在历史中。

《诸葛亮传》：父珪，字君贡，汉末为太山郡丞。亮早孤，从父玄为袁术所署豫章太守（一说刘表），玄将亮及亮弟均之官。

而诸葛氏兄弟之所以在三国时名扬天下，更多的是乱世所提供的机遇，加上他们个人能力的打拼，使得诸葛氏之门宗可以进入当时的政治舞台。
所以，一个家族的成功不仅要靠历史的进程，关键还要靠至我奋斗。
咳咳，扯远了，扯回来。
诸葛氏家族在三国时期分为三支，诸葛亮、诸葛瑾、诸葛诞。诸葛兄弟虽在吴蜀有重名，但在归晋之后并不显名。这是由于诸葛瑾子嗣因诸葛恪而被屠戮殆尽，势力大为衰减，仅有从蜀地接回诸葛攀奉诸葛瑾之嗣。诸葛亮之子嗣本来就单薄，在蜀亡之际诸葛瞻、诸葛尚战死。瞻子诸葛京后随即迁往北方。因此诸葛亮之族在益州既未形成势力，随着蜀亡，子嗣又多亡故。随着非益州籍的人士北迁，益州也失去了诸葛氏一族的踪迹，诸葛亮这一支也难以振作。
所以，真正在南北朝继承诸葛氏门宗的只有诸葛诞为首的北支，诸葛诞早年风慕浮华，与正始之际的一般名士建立了关系网，可以说与当时的士人圈已有交流，加之其个人有功绩能力，位至高官，使得诸葛氏之影响在曹魏政权之中有一定分量。但之所以称诸葛诞为首，因为还有别人，例如诸葛绪：

《钟会传》注：按百官名：绪入晋为太常崇礼卫尉。子冲，廷尉。荀绰兗州记曰：冲子诠，字德林，玫字仁林，并知名显达。诠，兗州刺史。玫，侍中御史中丞。
《晋书 后妃传》：诸葛夫人，名婉，琅邪阳都人也。父冲，字茂长，廷尉卿。婉以泰始九年春入宫，帝临轩，使使持节、洛阳令司马肇拜为夫人。兄铨，字德林，散骑常侍。铨弟玫，字仁林，侍中、御史中丞。

由上文可知，诸葛氏家族并非高门，所以要融入名士圈乃至提升家族门第，最好的方式莫过于联姻，诸葛诞、诸葛绪等在魏晋时期不适时宜的与司马氏攀上了亲戚，以获得提升门第之机，如诸葛绪女嫁与晋武帝司马炎，诸葛诞女嫁与琅琊王司马伷。除了与司马家族联姻以外，诸葛氏家族也与当时的门第有着联姻关系，如太原王氏：“王公渊娶诸葛诞女”、颍川庾氏、泰山羊氏：“诸葛恢大女适太尉庾亮儿，次女适徐州刺史羊忱儿”、乐陵石氏：“夫人琅耶阳都诸葛氏，字男姊。父字长茂，晋故廷尉卿平阳乡侯。”（石尠墓志）、陈郡谢氏、陈留江氏等。这既是门第之间的互相依附，也间接表明大族之间对诸葛家族的门第是认可的。
诸葛氏家族虽在联姻层面中与多家门第建立了关系，但在南北朝时却逐渐门第衰落。原因何在？
首先需要认识到，诸葛氏在南北朝时期的衰弱并非一蹴而就，而是一个渐进的过程。在东晋渡江初期，诸葛氏与皇室、门阀联姻，地位尊崇，加之诸葛恢个人能力出众，使得东晋初年，诸葛氏一族依然在世家大族中占据一席之地，甚至能与琅琊王氏“争族姓先后”：

《世说新语》:“诸葛令、王丞相共争姓族先后,王曰:`何不言葛、王,而云王、葛?'令曰:`譬言驴马,不言马驴,驴宁胜马邪?'”

在陈郡谢氏尚未发际之时，诸葛氏家族还一度轻视谢氏门第，不与联姻。直至诸葛恢死后，随着谢氏的兴起，才与之婚约。对此余嘉锡先生还有评论以为：“（谢氏）虽为江左高门，而实自万、安兄弟其名始盛。谢褒父衡虽以儒素称，而官止国子祭酒，功业无闻，非诸葛氏之比，故恢不肯与为婚。”

《世说新语》:“诸葛恢大女适太尉庾亮儿,次女适徐州刺史羊忱儿。亮子被苏峻害,改
适江虨。恢儿娶邓攸女。于时谢尚书求其小女婚。恢乃云:`羊、邓是世婚,江家我顾伊,庾家伊顾我,不能复与谢裒儿婚。'及恢亡,遂婚。
《全晋文》引王羲之杂贴：二族旧对，故欲结援，诸葛若以家穷，自当供助昏事。欲速知决。

我以为，诸葛家族在南北朝的正式衰落应当从诸葛恢去世时开始。自诸葛恢去世之后，东晋政权的政权为琅琊王氏等其他士族所把持，诸葛氏无缘掌握政权，加之士族门第的消长，家族人才的匮乏，使得诸葛家族无法与其他家族中获得优势，故而在门第之争中落入下流。至刘宋初年，琅琊诸葛氏的诸葛长民一支，已然沦落为与刘裕、何无忌之流的次等士族，沾染了北府流民之习气，难以再与王谢并驾齐驱，诸葛长民本在刘裕时有建策之功，这本是很好地机遇，或许能使诸葛氏家族再次兴起，但随着诸葛长民的败亡，使得这一可能再次化为泡影，自此，诸葛氏家族在南北朝虽有官位，但再未出现可以影响国家政治的重要人物。

《晋书》：诸葛长民，琅邪阳都人也。有文武干用，然不持行检，无乡曲之誉。桓玄引为参军平西军事，寻以贪刻免。及刘裕建义，与之定谋，为扬武将军。......长民骄纵贪侈，不恤政事，多聚珍宝美色，营建第宅，不知纪极，所在残虐，为百姓所苦。自以多行无礼，恆惧国宪。

而诸葛氏未能在南北朝发际，可有另一个原因，供题主参考。
田余庆先生在《东晋门阀政治》一书中提出这样一个观点：“两晋时期，儒学家族如果不入玄风，就产生不了为世所知的名士，从而也不能继续维持其尊显的士族地位。”
说的通俗一点，就是社会崇尚的变化，促使家族在原有传统上的进行转变，不然就难以融入新的圈子。好比大家都在玩吃鸡，而你还抱着俄罗斯方块不放，大家也就跟你玩不到一块，玩游戏的时候逐渐你也就被孤立了。
我们在上文提到过，诸葛氏家族在家学和思想上很早就有儒法杂糅的迹象，也就是说，诸葛氏家族的主流思想仍是以儒法杂糅为主。而在魏晋南北朝之际，诸葛氏家族并未做到顺应时代，完成融入玄学文化圈的这一转变，始终恪守礼、法，这就使其在保持门第尊崇上在失去了先机。
举个例子：诸葛绪入晋为太常、卫尉，其子诸葛冲又任廷尉，诸葛冲子诸葛铨、诸葛玫分别担任卫尉、御史中丞。太常、廷尉、御史中丞一类，与典仪、法律牵涉颇多，非擅长者不可居，从此也可见至晋时诸葛氏家族中可能仍然保有这一传统。当然，我们也可以从史料中窥见这一端倪：

《世说新语》：孙皓问：“卿字仲思，为何所思？”对曰：“在家思孝，事君思忠，朋友思信，如斯而已。”
又引：王右军往谢家看新妇，犹有恢之遗法：威仪端详，容服光整。王叹曰：‘我在
遣女裁得尔耳！’
《梁书》：诸葛璩，字幼玟，琅邪阳都人，世居京口。璩幼事征士关康之，博涉经史。复师征士臧荣绪。....南徐州行事江祀荐璩于明帝曰：「璩安贫守道，悦《礼》敦《诗》，未尝投刺邦宰，曳裾府寺，如其简退，可以扬清厉俗。请辟为议曹从事。」...璩性勤于诲诱，后生就学者日至，居宅狭陋，无以容之，太守张友为起讲舍。璩处身清正，妻子不见喜愠之色。旦夕孜孜，讲诵不辍，时人益以此宗之。

以上
另附南北朝部分诸葛氏官职表
诸葛恢：东晋侍中、尚书令、吏部尚书、散骑常侍...
诸葛颐：东临太常（诸葛恢兄）
诸葛甝：东晋散骑常侍（诸葛恢子）
诸葛虪：官职不详，关内侯。（诸葛恢子）
诸葛衡：东晋荥阳太守（诸葛恢子）
诸葛攸：东晋泰山太守     诸葛求：东晋参军     诸葛侃：督护
诸葛长民：刘宋都督青扬二州诸军事、青州刺史等         诸葛幼民：刘宋大司马参军      
诸葛阐：刘宋淮南太守     诸葛导：刘宋辅国将军司马     诸葛雅之：刘宋博士
诸葛智之：南昌令             诸葛邈之：将军
诸葛璩：南齐人，不仕      诸葛勖：南齐国子生，其后不详
诸葛颍：隋著作郎，加正议大夫，祖铨，零陵太守。父规，义阳太守
门第起落，一目了然。虽然官位不显，但这并不意味着诸葛氏家族成了一群屁民，其依然作为士人阶层的家族存在，不过是影响力不再如前代而已。
以上

试着答一下：
很大一个原因在于，死光了。
根据三国志中的记录，诸葛瑾生有诸葛恪和诸葛融，诸葛恪被诛之后，诸葛融被讨伐，服毒自尽，三子伏诛，诸葛瑾在东吴的血脉就算是断绝了。
原文如下：后恪征淮南，假融节，令引军入沔，以击西兵，恪既诛，遣无难督施宽就将军施绩、孙壹、全熙等取融。融卒闻兵士至，惶惧犹豫，不能决计，兵到围城，饮药而死，三子皆伏诛。
之所以说是在东吴的血脉，是因为诸葛瑾还有一个二子，诸葛乔，因为诸葛亮早年无子，所以过继给诸葛亮，到了蜀国。诸葛乔早逝，有子诸葛攀，因为诸葛瑾在东吴的血脉已断，所以又继承回诸葛瑾这一支。所以诸葛瑾这一脉最终剩下的是诸葛攀以及诸葛攀的儿子诸葛显。
原文如下：初，亮未有子，求乔为嗣，瑾启孙权遣乔来西，亮以乔为己逋子，故易其字焉。拜为驸马都尉，随亮至汉中。年二十五，建兴六年卒。子攀，官至行护军、翊武将军，亦早卒。诸葛恪见诛于吴，子孙皆尽，而亮自有胄裔，故攀还复为瑾后。
剩下诸葛亮的一脉，要晚点再更…


在地铁上，简单更一下。
诸葛亮生有诸葛瞻，后来邓艾灭蜀，诸葛瞻和其长子诸葛尚战死，仅存诸葛瞻的次子诸葛京。诸葛京和诸葛显分别代表着诸葛亮和诸葛瑾仅存的血脉迁到河东定居，后来有任职到江州刺史，这就是这一系在历史上最后的出场了。
原文大约如下：次子京及攀子显，迁居于河东。
诸葛诞一支的情况，楼上大佬讲得比我到位，我就删去我的印象流了_(ω 」∠)_
至此，诸葛亮与诸葛瑾这两支的后人，仅存诸葛京和诸葛显。我推测，人才凋零是诸葛氏在门阀垄断的魏晋难以高升的主要原因之一。

一个自己杀了三族，一个被诛三族，你倒是说说死人怎么成为名门望族。

活到最后笑的最后的是诸葛绪。
诸葛亮后人死于邓艾之手，诸葛瑾后代因诸葛恪而死，诸葛诞因淮南叛变被诛全族，这几位都是三公级别(诸葛亮丞相，诸葛瑾大将军，诸葛诞司空)，但是基本三代之内就接近亡家绝户了。
后代善终的是第四位诸葛绪，话虽这么说不过这位也是鬼门关上走过一遭的。
诸葛绪虽然也是出身名门望族，但是显然混的比其他几位要差的多，他最早为人所知的职位是泰山太守，当时他的上司是兖州刺史邓艾，邓艾的上司是诸葛诞。淮南二叛时，毌丘俭，文钦勾结东吴，“吴大将军孙峻等号十万众，将渡江，镇东将军诸葛诞遣艾据肥阳，艾以与贼势相远，非要害之地，辄移屯附亭，遣泰山太守诸葛绪等于黎浆拒战，遂走之。”淮南三叛，诸葛绪坚定的与诸葛诞划清界限，同样在邓艾的手下最后平定诸葛诞，累积战功升职到雍州刺史。
几年后司马昭下令伐蜀，钟会统帅三路大军进逼汉中，打算吃掉姜维在汉中的蜀军主力。邓艾一路，负责挡住姜维回蜀之路。雍州刺史诸葛绪一路(虽然貌似与老上司邓艾平起平坐，但是级别还是比邓艾低一级，兵力也只有三万)，目的是将姜维拖在剑阁门外，无法入蜀，等待钟会大军开到跟蜀军大决战。结果姜维不光跑出了邓艾的包围圈，还吓退了诸葛绪，退守剑阁。邓艾和诸葛绪都没完成任务，按例将罚，钟会要求邓艾诸葛绪不要轻举妄动，等他大军杀到再做下一步计划。邓艾不服，决定偷过阴平小道，同时拉拢老下级诸葛绪一起去，但诸葛绪此时选择服从钟会命令不为邓艾所动。
钟会此行第一目的并非是为了灭蜀，而是为了司马昭一改前几年刺曹髦的负面影响赚取政治资本进位晋王。此时虽蜀军主力未损，但是汉中已得，司马昭钟会目的已经达到，在剑阁装样子对阵一段时间即可荣归故里。结果邓艾非要这么来一下子，钟会当然大怒，邓艾入蜀既无粮草又无援军，输了他还得背锅，万一邓艾全军覆没，这次伐蜀反而是无功有罪。最好的办法就是先找好替罪羊。
于是钟会一来就夺了诸葛绪的兵权，把责任都推到诸葛绪身上，然后囚车十八相送去洛阳。打仗没打过姜维，同僚独断专行，上司推卸责任，错都是你的，自己身陷囹圄，还有更惨的吗？
为啥这个时候不说邓艾呢，因为邓艾有兵啊，你诸葛绪兵权没了不就是个软柿子？万一逼急了邓艾，邓艾全军投蜀了，锅太大钟会也背不起。
结果邓艾奇袭成功，姜维投降钟会，三路大军，两路立下了不世之功，就你一个诸葛绪还在回洛阳的囚车里，人生差距如此之大。
然后钟会联合卫灌把邓艾也送上了囚车，与姜维谋反被卫灌等人做掉，邓艾旧部赶紧去追囚车准备请邓艾出来主持大局，卫灌一看这还了得邓艾出来我不就完蛋了提前派人把邓艾砍了。然后卫灌居然没受什么处罚，后来也位至三公，然而他最后也没什么好下场，全家在八王之乱中死于贾南风的阴谋。
一夜间其他两路大将和敌首姜维都死于非命，诸葛绪在囚车里不禁笑出了声。伐蜀失利？那是钟会为了叛变污蔑我的。蜀地那点破事？拜托，我压根就没入过蜀。
囚车十八相送回洛阳之后，卫灌虽然没被处理，但是舆论把蜀地那些事责任都推给了卫灌，卫灌连赏赐都不敢接。结果，事实上根本没入过蜀的诸葛绪反而成了大赢家，后来做到太常、卫尉。囚车十年后孙女嫁给了司马炎，算算辈分，诸葛绪身为司马昭小弟的小弟，现在跟司马懿反而平辈了。看看后代，这才是诸葛家族的延续。
《三国志》钟会传注解：“按百官名：绪入晋为太常崇礼卫尉。子冲，廷尉。荀绰兖州记曰：冲子诠，字德林，玫字仁林，并知名显达。诠，兖州刺史。玫，侍中御史中丞。
再说句题外话，诸葛诞虽然身死，但是之前因为政治需要，司马懿和诸葛诞曾经联姻，诸葛诞长女嫁给了司马懿第五子司马伷，生下三个儿子，司马觐、司马澹、司马繇。司马觐的儿子就是东晋开国皇帝司马睿。因此东晋的所有皇帝同时流淌着司马家和诸葛家的血。

蜀龙吴虎魏犬后人几乎团灭，三国都有人，最后三国都没统一，可谓三国布局最大但输得最惨的家族