算法交易起源于美国。80年代后期及90年代,美国证券市场的全面电子化成交和电子撮合市场ECN(Electronic Communication Networks)开始发展。纽约证券交易所NYSE在1997年就批准了从分数制报价方式改为十进制小数点报价的方案,这个推进的过程用了三四年。2000年8月开始小范围试点,到2001年才完成,NASDAQ后来在证监会的压力下也跟进这个改革方案。股票报价的最小变动单位由1/16美元或者1/32美元,调低到了0.01美元。买卖之间的最小变动差价大幅缩小了七八成,也减少了做市商的交易优势,因此降低了市场的流动性,(买卖报价被稀释在更多的报价单位上),这些情况改变了证券市场的微观结构。市场流动性的降低导致机构投资者使用计算机来分割交易指令,用以执行到更优越的均价,就形成了最初的算法交易的概念。