|
上一个博客中我们统计出来了碱基的数量，现在我们来吧他们输出到一个特定的文件中：
#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的
#首先定义四种碱基的数量为0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列进行合并成一行
#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#打开文件
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#将文件赋予一个数组
@DNA=<DNAFILENAME>;
#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;
#然后依次读取字符串的元素，并对四种碱基的数量进行统计
for ($position=0;$position<length $DNA;++$position)
{
$base=substr($DNA,$position,1);
if ($base eq 'A')
{
$count_A=$count_A+1;
}
elsif ($base eq 'T')
{
$count_T=$count_T+1;
}
elsif ($base eq 'C')
{
$count_C=$count_C+1;
}
elsif ($base eq 'G')
{
$count_G=$count_G+1;
}
else
{
print "error\n"
}
}
#输出最后的结果
print "A=$count_A\n";
print "T=$count_T\n";
print "C=$count_C\n";
print "G=$count_G\n";
上面是以前的序列，下面我们添加上一些代码，使其能够输出到一个文件中，并比较“>"和”>>"的区别：
先看“>>"的输出代码(>>)是以附加的形式来储存文件：
open(COUNTBASE,">>f:\\perl\\b.txt")||die("can not open the file!");#因为后面忘了加“；”费了好大的功夫,切记,并且一直报56行的错误，当有错误的时候，前后都要看一看
print COUNTBASE "A=$count_A T=$count_T G=$count_G C=$count_C\n";
close (COUNTBASE);
以下是我们运行两次以后得到data.txt文件中的结果：
A=40 T=17 G=24 C=27
A=40 T=17 G=24 C=27
然后我们看">"输出的效果(>)是以覆盖的形式输出：
open(COUNTBASE,">f:\\perl\\b.txt")||die("can not open the file!");#因为后面忘了加“；”费了好大的功夫,切记,并且一直报56行的错误，当有错误的时候，前后都要看一看
print COUNTBASE "A=$count_A T=$count_T G=$count_G C=$count_C\n";
close (COUNTBASE);
以下是我们再次运行后data.txt中的结果：
A=40 T=17 G=24 C=27
我们发现以前的两行被删除了，然后只剩下重新输出的一行。
| 
转播
